Le varianti genetiche del gene N possono compromettere la capacità di usare i test antigenici sia per la diagnosi che per i test di massa per controllare la trasmissione del virus. E’ quanto emerge da una ricerca condotta dal professor Andrea Crisanti, Direttore del Dipartimento di Medicina Molecolare dell’Università di Padova, da Stefano Toppo e da Annamaria Cattelan e Vito Cianci dell’Azienda Ospedale di Padova.
Secondo lo studio le varianti genetiche del virus Sars-Cov-2 rappresentano una grande minaccia per gli sforzi di vaccinazione nel mondo in quanto possono aumentare il tasso di trasmissione del virus e/o dandogli la capacità di sfuggire all’immunità indotta dal vaccino. Queste varianti riguardano la proteina Spike codificata dal gene S coinvolta nell’ingresso del virus nelle cellule dell’ospite e il bersaglio principale dei vaccini.
Tuttavia la presenza di varianti non riguarda solo la proteina Spike coinvolta nell’ingresso del virus nelle cellule ospiti ma possono interessare tutto il genoma del virus. In particolare, uno dei geni che presenta numerose varianti, anche leggermente più degli altri secondo le ultime stime, è quello che codifica per proteina ‘N’ del virus che è responsabile dell’impacchettamento del materiale genetico del virus e che viene chiamata, appunto, nucleoproteina.
Lo studio dimostra come le varianti genetiche del gene N possano compromettere la capacità di usare i test antigenici sia per la diagnosi che per i test di massa volti a controllare la trasmissione del virus. In Italia e in molti paesi europei, i test antigenici stanno avendo molta popolarità e grazie alla facilità d’uso sono sempre più usati per indagini di massa. Da giugno 2020 alcune Regioni hanno progressivamente esteso l’uso di massa del test antigenico con l’obiettivo di sostituire progressivamente i tamponi molecolari.
Durante la conduzione di un approfondimento diagnostico è emerso che alcuni campioni di tampone che non risultavano positivi ai test antigenici mostravano un’alta carica virale nei test Rt-Pcr. L’analisi di sequenziamento dei virus che mostravano risultati discordanti nei test Rt-Pcr e ai test antigenici ha rivelato la presenza di molteplici mutazioni distruttive nella struttura della proteina N (la proteina virale usata per rilevare la presenza del virus nei test antigenici) raggruppate dalla posizione 229 alla 374, una regione nota per contenere le regioni chiave che permettono l’identificazione del virus in questi test. Una frazione rilevante delle varianti non rilevabili nel test antigenico conteneva le mutazioni A376T accoppiate a M241I.
«Ulteriori prove di laboratorio hanno inoltre dimostrato che questa problematica è comune a test antigenici sviluppati da diversi produttori – dice Crisanti -. Le sequenze di virus con queste mutazioni sono molto più frequenti nei campioni negativi ai test antigenici ma con PCR positiva e sono progressivamente aumentate di frequenza nel tempo in Veneto, una regione che ha aumentato notevolmente l’uso dei test antigenici raggiungendo quasi il 68% di tutti i test del tampone per Sars-Cov-2. Si ipotizza, quindi, che l’uso di massa dei test antigenici rapidi possa involontariamente favorire la diffusione di varianti virali non rilevabili da parte di questi test contribuendo, così, alla loro libera circolazione e all’inefficacia del loro contenimento».
