La contaminazione di un  cibo può verificarsi in fase di produzione, ad opera di acqua e/o suolo contaminato o perché le materie prime lo sono già.

Generalmente però sono i cattivi atteggiamenti da parte degli operatori che portano alla contaminazione dei prodotti: capelli, ferite, mucose e feci sono alcuni degli elementi determinanti; considerando come la maggior parte dei batteri risiede nel corpo umano (salmonella, Escherichia coli, virus) ecco perché è molto importante che, ij ogni fase del processo produttivo, si rispettino le norme di buona e logica prassi igienica.

I luoghi di lavoro sono un fattore contaminante molto pericoloso: lavorare in ambienti puliti, disinfettati ed ordinati, utilizzando solo superfici perfettamente sanificate è l’unica difesa contro la proliferazione batterica e dunque la conseguente contaminazione degli alimenti prodotti.

Tutti i fattori sopra elencati, luoghi, utensili e superfici contaminate,  sono sintetizzati nel fenomeno della contaminazione crociata.

Per contaminazione crociata si intende il passaggio diretto o indiretto di batteri patogeni da alimenti contaminati (generalmente crudi come le uova nel caso della pasticceria) ad altri alimenti privi di batteri (di norma quasi tutti i cibi cotti). Abitualmente questo tipo di contaminazione batterica avviene quando con le mani non pulite o con utensili sporchi (taglieri, coltelli, contenitori) si manipolano alimenti cotti oppure quando con le stesse attrezzature si maneggiano prima alimenti crudi (quindi con microrganismi) e successivamente alimenti cotti.